A raíz del cliente web ssh que hice con PHP he decidido crearlo usando el framework de Laravel.
Ahora se pueden guardar los servidores con su usuario y contraseña pero las contraseñas son encriptadas con el password que se indica. De esta forma aunque una persona acceda a la base de datos no podra obtener acceso a los servidores.
Para poder conectarte es necesario desencriptar la contraseña introduciendo la contraseña con la que se encripto.
Teneis mas información en https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/SubtleCrypto/encrypt
Y tenéis acceso al repositorio de la app en https://github.com/roke22/Laravel-ssh-client